In seiner letzten Nacht hatte Johannes Paul II. einen Zettel geschrieben, mit den Worten: "Ich bin froh, seid ihr es auch." Die Sätze waren an polnische Schwestern und Priester gerichtet, die ihm nahe standen. Bereits in den 90er Jahren musste sich Johannes Paul II. mehreren Operationen unterziehen. Am 15. Juli 1992 wurde ihm ein gutartiger Tumor aus dem Dickdarm entfernt. Am 29. April 1994 brach er sich bei einem Sturz im Badezimmer den Oberschenkel und musste sich daraufhin ein künstliches Hüftgelenk einsetzen lassen.
In seinen letzten Lebensjahren war Johannes Paul II. in seiner Amtsführung zunehmend durch die Parkinson-Krankheit mit Lähmungserscheinungen und Schwierigkeiten beim Sprechen beeinträchtigt. Er litt zudem an den Folgen des Attentats von 1981 und an einer schweren Arthritis im rechten Knie als Folge der Hüftoperation. Wiederholt schlugen Außenstehende einen Rücktritt des Papstes vor. Johannes Paul II. erklärte indes, er lege die Dauer seiner Amtszeit in Gottes Hände.
Anfang 2005 verschlechterte sich der Gesundheitszustand des 84-Jährigen dramatisch. Am 1. Februar 2005 wurde er mit einer Kehlkopfentzündung und Atemnot in die Gemelli-Klinik in Rom gebracht. Nach seiner Entlassung am 10. Februar musste er am 24. Februar abermals eingeliefert und ein Luftröhrenschnitt vorgenommen werden. Am 13. März 2005 kehrte Johannes Paul II. in den Vatikan zurück. Er zeigte sich am 20. und 23. März am Fenster seines Arbeitszimmers den Gläubigen auf dem Petersplatz und spendete von dort am Ostersonntag stumm den Segen Urbi et Orbi. Am 30. März 2005 ließ sich der Papst dort zum letzten Mal sehen. Er wurde bereits durch eine ständige Sonde in der Nase künstlich ernährt.
Am folgenden Tag fieberte er und empfing die Krankensalbung. Am 2. April 2005 gegen 15:30 Uhr sprach er mit sehr schwacher und gebrochener Stimme auf Polnisch seine letzten Worte: „Lasst mich ins Haus des Vaters gehen!“. Kurz vor 19 Uhr fiel er ins Koma. Ab 20 Uhr zelebrierte Stanisław Dziwisz unter Mitwirkung von Kardinal Marian Jaworski, Stanisław Ryłko und Mieczysław Mokrzycki eine Messe am Fußende des Krankenbetts. „Um 21:37 Uhr entschlief Johannes Paul II. im Herrn“, heißt es in dem ausführlichen Bericht über die letzten Tage des Papstes, den der Vatikan am 19. September 2005 als Supplementum zu seinem Amtsblatt, den Acta Apostolicae Sedis – Commentarium Officiale, vom 17. April 2005 veröffentlichte.
